Bases de données

Molligen

Molligen fournit des séquences annotées et leurs analyses pour les 38 génomes de mollicutes disponibles publiquement. Le site web Molligen met à disposition des informations de génétique, de voies métaboliques, d'orthologues determinés par différentes méthodes, une collection d'outils incluant un "navigateur de génomes" pour effectuer des comparaisons inter-espèces, et des données téléchargeables.

MeRy-B

MeRy-B est une plate-forme de métabolomique permettant le stockage et la visualisation de profils de Résonance Magnétique Nucléaire (RMN) métaboliques de plantes.
MeRy-B est une application basée sur le Web avec un accès soit public ou privé. Elle est conçu pour:

• remplir une base de connaissances de profils de plantes et de leur métabolites obtenus par RMN,
• réaliser des requêtes et visualiser les données,
• détecter des biomarqueurs avec la visualisation des spectres et des outils statistiques,
• aider à l'identification des biomarqueurs.

Elle contient des métabolites végétaux et inconnus listes composés avec des informations sur les conditions expérimentales et les concentrations de métabolites de plusieurs espèces végétales compilées à partir d'un millier de profils RMN organisée annotées sur différents organes ou tissus.
ProticDB

ProticDB

PROTICdb est une nouvelle application Web conçue pour les grands programmes de protéomique des plantes. Ce logiciel permet de stocker et d'interroger des données relatives à : (i) la conception expérimentale (y compris les plantes, la description de l'échantillon de protéines et le protocole de 2D-PAGE ), (ii) le comportement des spots individuels (en ce qui concerne l'expression des protéines qualitative et quantitative), et (iii) l'identification des protéines. L'alimentation de la base de données peut être réalisée en téléchargeant les différents fichiers formatés ou en utilisant les formulaires web. La requête est réalisée  à partir d'un outil graphique qui utilise une image cliquable et annotée des gels 2D. Les liens vers les bases de données externes sont disponibles. Le lien biologique entre les spots (par exemple des variants alléliques, fonction identique, modification post-traductionnelle) est défini, contrôlé et stocké; éventuellement un réseau de spots connectés est mis en évidence. Par ailleurs, pour permettre à des expériences différentes d'être analysées conjointement (par exemple pour obtenir la corrélation entre les expressions des protéines), différents types d'objets (plantes, échantillons, gels, spots) peuvent être agrégés. PROTICdb est basé sur le SGBD Oracle ou PostgreSQL et est disponible sur demande.