Logiciels CBiB
MetaBoFlux :
Metaboflux is a generic approach for predicting flux distribution in metabolic networks under multiple and various constraints deducted from the experiments, to increase the biological relevance of the model. Metaboflux aims to provide a complete environnement to study the interaction and
constraints of a metabolic network.
Software website : http://www.cbib.u-bordeaux2.fr/metaboflux/
Download Metaboflux : http://sourceforge.net/projects/metaboflux/
Mix :
Mix is a tool to combine multiple assemblies for NGS data. Its algorithm takes two assemblies and generates another one that mixes them in order to extend the length of resulting contigs. It builds an assembly graph in which all of the contigs are vertices and edges represent the best possible alignments between two contigs that have the potential of being used as basis for contig extension.
The resulting output assembly corresponds to a certain path in this assembly graph.
Download Mix : https://sourceforge.net/p/cbib-mix/
SPack:
SPack is a web application that will help you identify putative mimes of your (phage displayed) peptides.
It is composed of a set of scripts automating:
- the search for proteins with motifs similar to at least two of your peptides (a protein and matching peptides form a Pack),
- the search for homologous proteins sharing the parts similar to the said peptides to assemble a SuperPack,
- and finally scoring its findings according to the size of the Packs and the similarities to the identified proteins.
Software website : http://www.cbib.u-bordeaux2.fr/spack/
Xeml Lab :
Xeml Lab est une suite développée à l'Institut Max Planck en 2008-2009 visant à fournir une interface graphique interactive permettant la création d'expérience complexes ainsi que la génération de fichiers de méta-données formatés pour machines. Le but principal de XEML est de créer un standard pour le contrôle, le design et la documentation d'expérience de croissance afin non seulement d'obtenir des données moléculaires et physiologiques fiables mais aussi de permettre l'intégration de ces données environnementales.
Le CBiB est impliqué dans le développement continu de ce projet en collaboration avec le groupe de Yves Gibon de l'INRA-Bordeaux
Site web de Xeml Lab : http://xeml.mpimp-golm.mpg.de/dnn/Default.aspx
XemLoad:
Une partie de Xeml Lab consiste en Xeml Interactive Designer (ou XID) qui sert à créer et visualiser via une interface graphique des profils d'expériences.
XID ne permettant pas de charger rapidement des enregistrements de données climatiques, nous avons développé XemLoad. XemLoad se charge de transformer les fichiers CSV issus des enregistrements automatiques des métadonnées en fichiers XEML fonctionnels, que ce soit en complétant un fichier existant ou en créant celui-ci entièrement. Il se présente sous la forme d'une interface graphique reprenant le principe d'un wizard.
XemLoad est disponible sous Windows uniquement, écrit en C# il nécessite le framework .NET 4.
La version la plus récente de l'installeur de XemLoad est disponible à l'adresse suivante : https://sourceforge.net/projects/xemload/files/XemLoad/Current/
XEO :
Un autre apport de Xeml Lab consiste en l'ontologie Xeml Environment Ontology (XEO) qui contient un ensemble de termes permettant de décrire les conditions environnementales d'une expérience de croissance de plantes.
Nous avons modernisé XEO en l'allégeant des termes redondants et en l'adaptant au format OBO.
XEO est livré avec chaque installeur de XemLoad mais la version la plus récente est disponible à l'adresse suivante : http://bioportal.bioontology.org/ontologies/3176
Sources :
Le code source des versions de développement de XemLoad et de XEO sont disponibles sur le dépôt SVN de la page Sourceforge du projet : https://sourceforge.net/projects/xemload/
YasimSBML :
YasimSBML (Yet another simulator for SBML) is a stochastic simulator of metabolic networks in SBML format. Unlike traditional simulators (Gillespie, etc.), it simulate the transformation of reactants into final products for the distribution analysis
Software website : http://www.labri.fr/perso/ghozlane/metaboflux/about/yasimSBML.php
Download YasimSBML : http://sourceforge.net/projects/yasimsbml/
RandomTaxonomy :
This program can generate random tree from an existing tree (tipically a taxonomy tree such as GreenGenes or RDP) by resampling. The global topology of the new tree (number of levels and number of nodes) is preserved.
Download RandomTaxonomy : https://sourceforge.net/projects/randomtaxonomy/