Projets

ABRIWG

Génomique comparative et fonctionnelle de la résistance a la sharka et des besoins en froid chez les arbres fruitiers a noyaux
Coordinators: V. Decroocq (INRA UMR BFP) et A. Abbott (Clemson University, USA)

Le génome du pêcher, long de 227 Mb, a été entièrement séquencé, assemblé à plus de 99% et mis à disposition du public en Avril 2010 (http://www.rosaceae.org/peach/genome). Cependant, il est à noter que c’est chez l’espèce Abricotier que l'on rencontre une variabilité phénotypique et génotypique suffisamment large pour mener à bien les études d’association génétique, notamment pour certains caractères agronomiques.
Dans le cadre de ce projet, 100 génomes d’abricotiers présentant un comportement contrasté vis-à-vis de caractères agronomiques importants seront sélectionnés à partir des collections européennes et de pays tiers (Chine, pays d’Asie Centrale) sur la base de leur variabilité génétique (testée actuellement avec un groupe de 20 marqueurs microsatellites dans le cadre du projet européen « STONE ») et phénotypique (si disponible). Ils seront entièrement séquencés. L’ensemble de ces séquences seront alignées sur la séquence de référence Pêcher et une recherche de SNP couvrant le génome complet d’abricotier sera réalisée, aboutissant à l’identification d’haplotypes pour la collection de 100 individus étudiés.
 

COSMOS

COSMOS : établir des normes en métabolomique

Coordonné par le Dr Christoph Steinbeck de l'Institut européen de bioinformatique EMBL-, COSMOS (Coordination des normes en métabolomique) réunira des fournisseurs de données européennes et permettra de définir et de promouvoir des normes communautaires qui facilitent la diffusion des données de métabolomique. Cette action7ème PCRD (2 millions d’€).

L'utilisation de la métabolomique en sciences de l'environnement, toxicologie, phytologie, agroalimentaire et en médecine est bien établie et en croissance rapide. La métabolomique est un moyen d'évaluer l'état d'un organisme et implique un ensemble complet d'analyse des petites molécules dans les cellules, les tissus et les fluides corporels. En médecine, il peut aider à caractériser les états pathologiques, et dans en biotechnologie, il peut aider à déterminer si un organisme est adapté à des applications telles que la production d'énergie renouvelable.

Les grandes quantités de données produites dans les études de métabolomique nécessitent de robustes infrastructures bioinformatiques biomédicales et en sciences de la vie. En plus de capturer et de stocker de très gros volumes de données, ces infrastructures doivent être capable de diffuser ces données selon sur les normes communautaires ouvertes. Les partenaires vont développer des stratégies  de façon à ce que les données de métabolomique soient codées dans des standards ouverts; annotés avec des métadonnées validées.